Родоначальником Первого Московского государственного медицинского университета имени И.М.Сеченова был медицинский факультет Императорского Московского университета (сегодня это МГУ), открытого в 1755 году по предложению великого русского ученого Михаила Ломоносова и графа Ивана Шувалова в период правления императрицы Елизаветы Петровны.
Занятия на медицинском факультете начались (13) 24 августа 1758 года. Именно эта дата сегодня и считается точкой отсчёта истории университета. Здесь читали курсы первые русские профессора Семен Зыбелин и Петр Вениаминов, впоследствии к ним присоединились Федор Политковский и Иван Сибирский.
Расширение факультета продолжилось в первой половине 19 века. Так, Устав университета 1804 года уже предусматривал наличие шести самостоятельных кафедр и трех институтов: Клинического, Повивального и Хирургического.
Вообще за свою долгую историю университет неоднократно подвергался реорганизации и менял название. В 1930 году он стал самостоятельным учебным заведением — Первый Московский медицинский институт (1-й ММИ), а спустя 10 лет, после награждения Орденом Ленина, переименован в Первый Московский Ордена Ленина медицинский институт (1-й МОЛМИ).
В 1955 году ему было присвоено имя выдающегося русского физиолога Ивана Михайловича Сеченова. В 1990 году был реорганизован в Московскую медицинскую академию (ММА), а с 2010-го носит нынешнее название, которое полностью звучит как: Государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова МЗ РФ.
Сегодня университет — старейший медицинский вуз России, крупнейший учебно-научный комплекс по подготовке, аттестации и повышению квалификации медицинских и фармацевтических кадров. Университет возглавляет учебно-методическое объединение медицинских и фармацевтических вузов России.
В состав Первого Московского государственного медицинского университета имени И.М.Сеченова входят Клинический центр, в котором объединены 17 разнопрофильных клиник на 3000 мест с центральной клинико-диагностической лабораторией и 11 лабораториями, отделом лучевой диагностики с семью подразделениями; 16 межклинических лечебно-диагностических служб, которые способны ежегодно обеспечить лечение 44 тысяч больных стационарно и свыше 280 тысяч амбулаторно; поликлиника для студентов и сотрудников; Центральная научная медицинская библиотека, музей истории медицины.
В составе университета – научный центр с 61 лабораторией, пятью научно-исследовательскими институтами: НИИ молекулярной медицины, НИИ фтизиопульмонологии, НИИ фармации, НИИ общественного здоровья и управления здравоохранением, Институт медицинской паразитологии и тропической медицины имени Е.И.Марциновского. В университете обучаются почти 9000 студентов из России и зарубежных стран.
В декабре 2008 года Банк России выпустил в обращение памятную серебряную монету номиналом 3 рубля, посвященную 250-летию университета.